约占女性不孕的25%~35%。常见病因包括：①下丘脑病变，如低促性腺激素性无排卵；②垂体病变，如高催乳素血症；③卵巢病变，如多囊卵巢综合征、早发性卵巢功能不全、先天性性腺发育不全；④其他内分泌疾病，如先天性肾上皮质增生症、甲状腺功能异常等。

除先天性输卵管发育异常外，输卵管疾病多继发于感染，如：盆腔炎、阑尾炎、流产后感染、盆腔结核或者有盆腔、腹腔手术史，以上这些均可引起输卵管粘连、增厚，最终导致输卵管不全阻塞或者完全阻塞。调查显示，输卵管异常导致的不孕，约占不孕症患者中的1/3。

子宫发育不良、畸形，子宫内膜结核、息肉、内膜分泌反应不良，子宫内膜炎或宫腔肿瘤等，均可能影响受精卵的着床和发育。

雌激素不足或宫颈管感染，会改变宫颈粘液的性质和量，影响精子的活力与进入宫腔的数量。另外，宫颈发育畸形、息肉、肌瘤等可堵塞宫颈管而影响精子的穿过，进而导致不孕。

同种免疫：精子、精浆或受精卵是抗原物质，被阴道及子宫内膜吸收后，通过免疫反应机体产生抗体，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床。

自身免疫：不孕女性血清中存在透明带自身抗体，与透明带反应后阻止精子穿透进入卵子，因而无法受精。

经过系统检查，双方均未发现明确的不孕原因者，约占10％。